Дотоодын цэрэг нь цагдаагийн байгууллагатай өдөр тутам хамтран ажиллаж, хууль сахиулах байгууллагын шинжийг агуулдаг онцлогтой. Анх байгуулагдсан цагаасаа эхлэн түүхийн хугацаанд Дотоодыг хамгаалах газар, Нийгмийн аюулаас хамгаалах яамны Хилийн ба дотоодын цэргийн удирдах газар, Улсын цагдан сэргийлэх ерөнхий газар (хуучин нэрээр), Цагдаагийн ерөнхий газрын харьяанд алба-ажиллагаагаа явуулж байгаа юм.
Мөн Монгол Улсын Засгийн газраас тогтоосон улсын онц чухал обьект (Төр, Засгийн тэргүүний байр, гяндан, онцгой ба чанга дэглэмтэй колони, дулааны станцууд, ус хангамжийн эх үүсвэр, хүн малын гоц халдварт өвчний лабораториуд гэх зэрэг) газруудыг хамгаалах, тэсэрч дэлбэрэх бодис, тэсэлгээний хэрэгслийг тээврийн замд харгалзан хүргэх үүргийг өдөр тутам бие даан гүйцэтгэдэг. Шаардлагатай үеүдэд шуурхай бэлэн байдлыг хангаж, цагдаа, онцгой байдлын байгууллагын хүч хэрэгсэл хүрэлцэхгүй нөхцөлд тэдэнд дэмжлэг үзүүлж, хамтран ажиллаж ирсэн байдаг.
Тиймээс хамгаалж байгаа улсын онц чухал обьектуудын хамгаалалтад болзошгүй аюул учирч, нөхцөл байдал хүндэрсэн үед тухайн үүссэн нөхцөл байдлыг таслан зогсоох, обьектын аюулгүй байдлыг шуурхай хангах бэлтгэл нөөц хүчийг бүрдүүлэх зорилгоор 2019 онд Дотоодын цэрэгт гэрээт болон хугацаат цэргийн алба хаагчдыг татан авахаар боллоо. Ийнхүү цэргийн жинхэнэ албыг хаалгуулахаар төлөвлөн бэлтгэл ажлыг ханган ажиллаж байгаа юм байна.
УИХ-ын шийдвэрээр өнгөрсөн 2014 онд 90 гаруй жилийн түүхтэй Дотоодын цэргийг татан буулгаж, гүйцэтгэж байсан чиг үүрэг, бие бүрэлдэхүүнийг цагдаагийн байгууллагад шилжүүлсэн. Гэвч Монгол Улсын Их Хурлаас өнгөрсөн оны хоёрдугаар сард “Дотоодын цэргийн тухай хууль”-ийг шинээр баталж, Дотоодын цэргийг дахин байгуулсан юм.
Хуульд зааснаар Дотоодын цэрэг нь тайван цагт Зэвсэгт хүчний бүтцэд хамаарахгүйгээр мэргэжлийн бие даасан үйл ажиллагаа явуулж, Үндэсний аюулгүй байдлыг хангах тусгайлсан чиг үүргийг хэрэгжүүлдэг.
Дотоодын цэрэг нь Улаанбаатар хот, орон нутгийн зургаан аймагт харьяа нэгжтэйгээр албаны үйл ажиллагаа явуулж байна.