Сэлэнгэ аймгийн гадаргын усны чанар маш сайн, харин хаягдал усны чанар тааруу, агаарын чанар хэвийн хэмжээнд байна.
Сэлэнгэ аймгийн Байгаль орчны шинжилгээний лабораториос Сэлэнгэ мөрөн, Орхон голуудын усны чанарт хяналт, шинжилгээ хийж, зохих цэгүүдээс сорьц авч, 20 гаруй үзүүлэлтээр тус голуудын усны химийн найрлага, чанарыг тодорхойлжээ. Үзүүлэлтээр Сэлэнгэ мөрний усны эрдэсжилт 250-299 мг/л-т, Орхон голынх 220-240 мг/л-т хэлбэлзэж, хүчилтөрөгчийн горим хэвийн давсан үзүүлэлтгүй, бохирдолгүй байжээ. Харин Сэлэнгэ аймгийн Сүхбаатар сумын “Урсгал-Ус” ХХК-ийн хаягдал ус цэвэрлэх байгууламжийн орох, гарах цэгт хийсэн хаягдал бохир усны шинжилгээгээр тус цэвэрлэх байгууламжаас гарч байгаа усны цэвэршүүлэлт 39.3 хувьтай байсан байна. Үүнээс орчинд нийлүүлэх хаягдал усан дахь бохирдуулах бодис зөвшөөрөгдөх дээд хэмжээнээс давсан үзүүлэлтийг хэлж байгаа ажээ. Мөн Сүхбаатар суманд агаарын бохирдол стандарт хэмжээнээс хэтрээгүй байна.