ШӨХТГ-аас Монгол Улсын их сургуулийн шилжин суралцсан оюутнаас шилжилтийн төлбөр авч буй үйл ажиллагаанд хяналт шалгалтын ажлыг хийжээ. Гэтэл шалгалтаар Монгол Улсын их сургуулийн захирал оюутан шилжүүлэн суралцуулах журам батлах болон шилжилтийн төлбөр тогтоох тухай тушаалуудыг гаргаж, 2013-2014 оны хичээлийн жилд 241 оюутнаас хууль бусаар 347,182,000 төгрөг хураан авсан болох нь тогтоогдсон байдаг. Иймд улсын байцаагчийн дүгнэлт гарч, зөрчил арилгуулахаар улсын байцаагчийн албан шаардлага хүргүүлсэн.
Харин МУИС-ийн зүгээс эсэргүүцэн ШӨХТГ-ын улсын байцаагчийн шийдвэрийг эсэргүүцэж, “хууль бус шийдвэр гаргалаа” хэмээн шүүхэд нэхэмжлэл гаргасан. Уг хэргийг захиргааны хэргийн анхан шатны 20 дугаар шүүх хянан хэлэлцээд ШӨХТГ-ын улсын байцаагчийн дүгнэлт, албан шаардлагыг хүчингүй болгон шийдвэрлэж байлаа.
Харин ШӨХТГ нь анхан шатны шүүхийн шийдвэрийг эс зөвшөөрч давж заалдах гомдол гаргасан. Захиргааны хэргийн давж заалдах шатны шүүх гомдлын дагуу уг захиргааны хэргийг 2015 оны 1 дүгээр сарын 29-ний өдөр хянан хэлэлцээд анхан шатны шүүхийн шийдвэрт өөрчлөлт оруулж шийдвэрлэжээ.
Тэгвэл захиргааны хэргийн давж заалдах шатны шүүхээс байцаагчийн дүгнэлтийг бүхэлд нь хууль тогтоомжид нийцсэн гэж үзсэн бөгөөд МУИС-ын захирлын тушаалаар баталсан оюутан шилжүүлэн суралцуулах журмын төлбөртэй холбоотой хэсэг, шилжилтийн төлбөр тогтоох захирлын тушаалыг бүхэлд нь хүчингүй болгохыг шаардсан улсын байцаагчийн албан шаардлагыг тус тус хууль тогтоомжид нийцсэн гэж хэвээр үлдээсэн байна.
Харин 241 оюутнаас хууль бусаар авсан 347 сая 182 мянган төгрөгийг буцаан олгохыг шаардсан нь ШӨХТГ-ын бүрэн эрхэд хамаарахгүй тул хохирсон оюутнууд өөрсдөө нэхэмжлэх боломжтой юм байна.