МУИС сургалтын төлбөрөөс гадна суурь хураамж авдаг байна. Оюутнуудаас үндэслэлгүйгээр суурь хураамж авч байгааг эсэргүүцэн тус сургуулийн нэгдүгээр байрны гадна талбайд оюутнууд эсэргүүцлийн жагсаал хийхээ мэдэгдсэн. Тус сургуулийн захиргаанаас энэхүү хураамжийг оюутны сурч боловсрох таатай орчныг бүрдүүлэхэд зарцуулдаг гэдэг ч бодит байдалд ахиц гарахгүй байгааг оюутнууд хэлж байв. Энэ үеэр тэдний байр суурийг сонирхсон юм. МУИС-ийн Оюутны холбооны тэргүүн Б.Хосбаяр ярихдаа:
-МУИС-ийн удирдлагууд сургалтын төлбөрөөс гадна суурь хураамж авдаг. Бакалаврын түвшний оюутан жилд 224 мянган төгрөг, магистр докторын оюутан 336 мянган төгрөг суурь хураамжид төлдөг. Уг суурь хураамжийг таван жил авч байгаа бөгөөд суурь хураамжийг авснаар бидний сурах орчинд өөрчлөлт орсонгүй. Жил бүр л энэ асуудлыг ярьдаг. Одоо оюутнууд тэмцэх цаг нь болсон гэж бодож байна. Сургуулийн захиргаанд жил бүр гомдол гаргаж, өргөдөл өгдөг. Бид сургуульдаа мөнгө өгч болно. Гэхдээ тэр мөнгийг юунд зарцуулж байгааг л асууж, шаардаж байна. Бидний адил улсын их, дээд сургуулиуд барилга байгууламжийн чанар нь сайжирч байна. Гэтэл манай сургууль хэвээрээ л байгаад байгаа. Сургуулийн захиргаанд шаардлага хүргүүлсэн ч хариугаа авахад номын сангийн ном бүрдүүлэлт, сургалтын орчинд ашигладаг гэсэн цаасан дээрх хэдэн тоо өгсөн. Гэтэл нүдэнд ил хийсэн зүйл юу ч байхгүй байна. Өнгөрсөн жил энэ суурь хураамжийн мөнгө 5.8 тэрбум төгрөг болсон гэсэн” хэмээв.
Харин МУИС-ийн зүгээс оюутнуудын эсэргүүцэлд хариу болгож “Суурь төлбөр гэж юуг хэлээд байна вэ гэсэн сэтгүүлчийн асуултанд МУИС-ийн захирал Р.Бат-Эрдэнэ хариулсан ярилцлагыг “шейр”-хийжээ.
-Их сургуулиуд яагаад кредит буюу багц цагт суурилсан сургалтын зохион байгуулалтад шилжив, үүнтэй холбоотойгоор санхүүгийн систем нь яаж өөрчлөгдөв гэдэгтэй холбоотой л доо. МУИС суурь төлбөрийг ялган тогтоосноор нийтлэг үйлчилгээний төлбөрийг давхардуулан авахыг зогсоосон. Суралцаж байгаа оюутан өөрийн боловсрол эзэмших үйл явцын эзэн байж, аль хичээлийг хэдийд сонгон үзэхээ шийддэг зарчимд шилжихээр бид бүр 1990-ээд оны эхээр чигээ тогтоосон. Гэвч энэ шилжилт олон жил сунжирч бүрэн гүйцэд болоогүй байсныг сүүлийн гурван жилд МУИС өөрийнхөө хүрээнд гүйцээн хэрэгжүүлж байна. Ингэж оюутан бүр өөрийн сонирхол, боломжид тулгуурлан сонголт хийж байгаа тохиолдолд төлбөр тооцооны систем ч үүнд нийцсэн байх учиртай. Иймээс 2011 онд МУИС-ийн Удирдах зөвлөл сургалтын төлбөрийн хэмжээг оюутны сонгох хичээлийн багц цагийн төлбөр (tuition) болон нийтлэг авах үйлчилгээний суурь төлбөр (fees)-ийн нийлбэр байхаар тогтоосон нь манайхтай ижил төстэй гадаадын сургуулиудад нийтлэг жишиг болсон практик юм. Оюутан бүр хэдэн кредитийн хичээлийг тухайн семестрт сонгон судалж байна, түүндээ таарсан төлбөрийг улирал, улиралдаа төлөх боломжтой болсон. Өмнө нь бол оюутны хичээлээ сонгох боломж бүрдээгүй байх үед бүх оюутныг нэгэн ижил хичээл судлуулахаар сургууль нь урьдчилан оноож, түүнд харгалзуулан төлбөрийн хэмжээг бүхлээр нь нэгэн ижил хэмжээгээр тогтоож авдаг байсан. Өнөөдөр ийм байдлаар үргэлжлэх ёстой гэж үздэг хүмүүс байсаар байна.
МУИС-ийн зардлыг задалж үзвэл захиргаа, аж ахуй, шуудан холбоо, сургалтын алба, мэдээллийн технологи, номын сан, хичээл практик, багш ажилтны цалин хөлс, халаалт, цахилгаан, цэвэр, бохир ус ашиглалтын гэхчлэн бүрдэл хэсэгтэй. Үүнээс байрны ашиглалтын зардлыг улсын төсвөөс хариуцдаг. Оюутан хэдэн хичээл сонгохоос хамааралгүй гардаг зардал буюу захиргаа, аж ахуй, шуудан холбоо, сургалтын алба, мэдээллийн технологи, оюутны үйлчилгээ, номын сан, цэвэрлэгээ, урсгал засвар, ажилтан, ажилчдын цалин хөлс зэрэг нь нийтлэг үйлчилгээний зардал бөгөөд үүнийг суурь төлбөрөөс санхүүжүүлж байна. Харин хичээл сургалттай шууд холбогдох багшийн цалин, тэднийг хөгжүүлэх зардал, хичээл практик, сургалтын лаборатори, кабинетын багаж хэрэгсэл, түүхий эд, урвалж бодис, ашиглалтын зардлыг багц цагийн төлбөрт шингээсэн байгаа юм. Үүний дүнд оюутан хүн сонгосон хичээлийн тооноосоо хамааран нийтлэг үйлчилгээний зардлыг дахин дахин давхардуулан төлөхөөс хамгаалсан зарчим юм. Олон улсын их сургуулиудад баримталдаг сургалт, нийтлэг үйлчилгээний төлбөрийн задаргааны энэ зарчим бол 1990-ээд оноос хойш бидний хэрэгжүүлэхийг зорьж буй кредитийн системд шилжих үйл явцын үндсэн зарчим гэдгийг боловсролын салбарынхан ч ойлгож, нэвтрүүлэх хэрэгтэй.