Хилийн боомтын үндэсний зөвлөлийн даргаар Сангийн сайд ажиллах бол гишүүдэд ХЗДХ болон Гадаад харилцааны сайд, гааль, хил хамгаалах, мэргэжлийн хяналт, гадаадын иргэн, харьяат, МҮХАҮТ, Логистикийн холбооны дарга багтжээ.
Зөвлөл хилийн боомт байгуулах, өргөтгөх, дэд бүтцийн асуудлыг шийдвэрлэх талаар санал боловсруулах, хилийн хяналтын байгууллагуудын ажлын уялдаа холбоог хангах, боомтын ажлыг сайжруулах талаар зөвлөмж гаргах, албан хаагчдын нийгмийн асуудлын талаар санал боловсруулах, боомтыг хөгжүүлэх, хөрөнгө оруулалтын хөтөлбөр, төлөвлөгөөг батлах, боомтод мөрдөх журмыг батлах эрхтэй юм. Зөвлөл шаардлагатай гэж үзвэл тодорхой асуудлыг Засгийн газрын хуралдаанд оруулж шийдвэрлүүлэх бөгөөд ажлаа Засгийн газарт тайлагнах үүрэг хүлээсэн байна.